As práticas em pesquisa científica no Centro Universitário do Sul de Minas tiveram início no ano de 2002 quando foi criada a Coordenação de Iniciação Científica, que implantou políticas que visassem a inserção da pesquisa na localidade.
No ano de 2006, a instituição firmou convênio com a Fundação de Amparo à Pesquisa em Minas Gerais – FAPEMIG que financiou 8 bolsas de Iniciação Científica por meio do Programa de Bolsas de Iniciação Científica – PIBIC. Já em 2007 este número aumentou para 17 bolsas.
Nos anos que se seguiram, a pesquisa continuou avançando com a participação no Programa de bolsas BIC Júnior, com 10 bolsas para estudantes da rede pública da Educação Fundamental II e Médio.
Sendo selecionado como unidade habilitada à execução de atividades de P&D pelo Ministério de Ciência e Tecnologia, desenvolveu parcerias com várias empresas privadas da região.
A abrangência dos programas de iniciação científica aumentou, tendo, atualmente, a oferta de 25 bolsas de Iniciação Científica para os acadêmicos, 20 bolsas BIC Júnior para estudantes de Ensino Fundamental e Médio e cerca de 10 bolsas da própria FEPESMIG.
Em 2014, foi celebrado junto à outras universidades estrangeiras a criação de uma rede de convênios para pesquisa, a Rede ACINNET. Esta é composta por universidades de 9 países. Em 2015, o Unis sediou o I Congresso Internacional e foram apresentadas mais de 100 pesquisas científicas. Também neste ano foi criado o Simpósio Mineiro de Gestão, Educação, Comunicação e Tecnologia da Informação (SIMGETI).
Ainda em 2015, a Revista Interação, foi recomendada pela CAPES com estratificação B5 em 4 áreas de conhecimento. Também, em junho deste ano, foi finalizado acordo para pesquisa com a Universidade de Taubaté (Unitau) e com várias empresas do sul de Minas.
Em 2016, é promovido o II Congresso Internacional (www.ci.unis.edu.br) que marca o primeiro semestre do ano e que passa a ser uma tradição institucional entrando para o calendário acadêmico e regional. O departamento venceu 5 prêmios de inovação entre 2016 e 2019.
Em 2019, com a aprovação e recomendação do Mestrado Acadêmico em Gestão e Desenvolvimento Regional pela CAPES, o CEPI é reorganizado em Diretoria de Inovação e o Departamento de Pesquisa. Ao mesmo tempo, a FAPEMIG aprova a concessão de duas bolsas para o Mestrado através do programa PAPG. No entanto, neste mesmo ano as bolsas de BIC e BIC Jr da FAPEMIG são descontinuadas devido a um ajuste daquela entidade. No entanto, a Fepesmig continuou mantendo bolsas de iniciação científica para seus alunos de graduação.
Em 2021 são criados os eventos Congresso Multiprofissional da Saúde (CMS) e a Jornada Científica da Engenharia, Arquitetura e Tecnologia (JEATEC), abarcando juntamente com o SIMGETI todas as áreas do conhecimento. Também neste ano o Departamento de Pesquisa, em parceira com a Diretoria de Inovação e a Diretoria de Relações Internacionais, integram um grupo de instituições nacionais e internacionais com projeto aprovado no programa Erasmus+ Capacity Building da União Europeia denominado HEIComp. Além disso, são ampliadas as parcerias de pesquisas internacionais com países da Europa, Ásia, África e América Latina.
No ano de 2022 a Fepesmig é uma das instituições aprovadas no edital FAPEMIG de retomada do programa de bolsas de iniciação científica, sendo contempladas para a instituição um total de 10 bolsas na graduação. Soma-se a isso o aumento de bolsas para o mestrado, chegando a 3 pela FAPEMIG e 3 pelo programa PROSUP-CAPES. Ainda neste ano a nova classificação Qualis-Capes para periódicos indicam a Revista Mythos como B2; a Revista Interação como B3 e Textos para Discussão como C.
Em 2023 é lançado o Programa de Incentivo à Publicação Científica (PIPC) como forma de apoio e remuneração financeira a todos colaboradores, professores, alunos e egressos da Fepesmig que tenham publicado artigos em periódicos qualificados.